11219. 感染成立には1−3個

ずいぶん、減りましたなぁ。

8854. 50個で感染する

8424. 1000個か10個か

Superspreading events shaped the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, and their rapid identification and containment are essential for disease control. Here, we provide a national-scale analysis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) superspreading during the first wave of infections in Austria, a country that played a major role in initial virus transmissions in Europe. Capitalizing on Austria’s well-developed epidemiological surveillance system, we identified major SARS-CoV-2 clusters during the first wave of infections and performed deep whole-genome sequencing of more than 500 virus samples. Phylogenetic-epidemiological analysis enabled the reconstruction of superspreading events and charts a map of tourism-related viral spread originating from Austria in spring 2020. Moreover, we exploited epidemiologically well-defined clusters to quantify SARS-CoV-2 mutational dynamics, including the observation of low-frequency mutations that progressed to fixation within the infection chain. Time-resolved virus sequencing unveiled viral mutation dynamics within individuals with COVID-19, and epidemiologically validated infector-infectee pairs enabled us to determine an average transmission bottleneck size of 103 SARS-CoV-2 particles. In conclusion, this study illustrates the power of combining epidemiological analysis with deep viral genome sequencing to unravel the spread of SARS-CoV-2 and to gain fundamental insights into mutational dynamics and transmission properties.

コロナウイルス2019(COVID-19)のパンデミックを形作ったのはスーパースプレッディング現象であり、その迅速な特定と封じ込めは疾病の制御に不可欠である。本稿では,ヨーロッパでのウイルス感染の初期段階で大きな役割を果たしたオーストリアにおける重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)の第1波感染時のスーパースプレッディングについて,全国規模の分析を行った.オーストリアの発達した疫学的な監視システムを利用して、第一波の感染時にSARS-CoV-2の主要なクラスターを特定し、500以上のウイルスサンプルの全ゲノム配列を解析した。系統疫学的解析により、超拡大イベントの再現が可能となり、2020年春にオーストリアから発生する観光関連のウイルス拡散マップを作成した。さらに、疫学的に明確なクラスターを利用して、SARS-CoV-2の突然変異の動態を定量化した。また,時間分解ウイルスシーケンスにより,COVID-19感染者のウイルス変異動態が明らかになり,疫学的に検証された感染者と被感染者のペアにより,SARS-CoV-2粒子の平均伝播ボトルネックサイズを103個と決定することができた。以上、本研究は、SARS-CoV-2の伝播を解明し、変異動態や伝播特性に関する基本的な知見を得るために、疫学的分析とウイルスの深部ゲノム配列を組み合わせることの有用性を示している。(DeepL翻訳)

これが500−1000個と言われた論文。

これを解析し直したのが今回の論文らしい。なんか難しくて、ヨークわからなんだです。

Because the confidence intervals around these estimates were large, we also estimated an overall transmission bottleneck size using the data from these 13 transmission pairs. We arrived at an estimate of a mean bottleneck size of 1.21, with three or fewer viral particles successfully seeding infection in >99% of successful transmissions (Fig. 1G). Of note, this estimate depends on patterns of genetic variation observed between donors and recipients of transmission pairs. We here relied on the transmission pairs specified in Popa et al.; misspecification of these pairs could result in erroneously small bottleneck estimates.

これらの推定値の信頼区間が大きかったため、これら13組の感染ペアのデータを用いて、全体の感染ボトルネックサイズを推定した。その結果、平均ボトルネックサイズは1.21と推定され、感染が成功した99%以上で、3個以下のウイルス粒子で感染が成立していることがわかりました(図1G)。なお、この推定値は、感染ペアの提供者と受信者の間で観察される遺伝的変異のパターンに依存します。ここでは、Popaらが指定した伝達ペアを参考にしました。これらのペアを誤って指定すると、ボトルネックの推定値が誤って小さくなる可能性があります。(DeepL翻訳)

ボトルネックとして見えるってことは、ウイルスが生きてて、次の人の定着したって意味です。ピカピカのウイルスが3匹ぐらいいればいいって意味。

それが、生きてない(感染性を失った)ウイルスの切れっ端まで含めて見えてしまうPCRで何コピーに見えるのかは、状況によって違う。

失活する温度、湿度、相手が抗体を持ってるかどうか、などなど。

とにかく、ワクチンしてもマスクとソーシャルディスタンスは大事です。(ソーシャルディスタンスが加わりました)