10432. R.1 lineage

関東によく見られる、N501YのないE484Kだけを持つ株のこと。

10069. 発生国不明の輸入株?B.1.1.316

Genetic characterization was consistent with R.1 lineage

spike protein (W152L, E484K, D614G, G769V), four in orf1ab (T4692I, N6301S, L6337M, I6525T), one in membrane protein (F28L) and four in nucleocapsid protein (S187L, R203K, G204R and Q418H).

20B clade (Nextstrain) and R.1 lineage (PANGO). R.1 lineage is the sublineage of B.1.1.316 (github.com/cov-lineages/pangolin).

Discussionには、以下のように書いてある。

Household transmission of SARS-CoV-2 R.1 lineage with spike E484K mutation in Japan

しかし、多くの国では十分なサンプル数が確保されていないため、新たな新興株が見落とされている可能性があります。

However, not enough samples have been sequenced in many countries, therefore, new emerging strain have been missed possibly.

原産国が不明なのは、原産国での配列情報がSタンパク質だけに限定されていることによると私は考えます。

https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.1.316.html

B.1.1.316の多くは米国だけど。検疫で捕まった人は米国発ではないってことかな。