10032. SARS-CoV-2 Variant Browser

まだ使いこなせない。JAPANの指定が出来ないのはなぜ?

2020年5月6日現在の新型コロナウイルスの配列数は2,125です。多くの文献で参照配列として用いられているのは中国で初期に報告された長さ29,903塩基の配列で、NCBIではNC_045512、GISAIDではEPI_ISL_402125というAccession番号で登録されています。

https://sars-cov-2-variant-browser.s2s-omxware.us-south.containers.appdomain.cloud/

小山尚彦(米トーマスJワトソン研究センター)はこれまでに論文は3つ発表しています。2月21日にWHOに投稿(2月24日に公開)した最初の論文「COVID-19遺伝子の変異解析について」では、武漢のL型とは異なるL84S型を発見したことや、そのL84Sが主にアメリカと日本、中国の武漢以外(深圳)で広範に見つかっていることを報告しました*2-1
嬉しいことにこの論文は研究者のSNSである『ResearchGate』では、4万回以上読まれ、3月半ばには米国で最も読まれた論文になりました。L84Sの遺伝子は2カ所で変異が起きていましたが、なぜ武漢以外で見つかったのかは、いまのところ研究者の間でも不明です。また、今回の新型コロナウイルスがRaTG13という雲南州で見つかったコウモリが一番ゲノム上近く、RaTG13と共通の祖先があることは間違いありませんが、どういう経緯で人に感染したのかは解明されていません。https://www.mugendai-web.jp/archives/12229