8203. NEAR法

Abbott社のID Nowは等温増幅なので、LAMPだと思ってましたが、違いました。

Nicking Endonuclease Amplification Reaction (NEAR)
 ・反応温度:60 ℃
 ・ターゲットサイズ:<100 nt
 ・増幅産物:短鎖、discrete
 ・検出方法:蛍光
 SDA に似た等温増幅法として、Nicking Enzyme Amplification Reaction (NEAR) がある。これは短いターゲット領域を数分間で、高感度に検出できる。

https://www.nebj.jp/f/859 より

補足1:DNA Strand Displacement (鎖置換)
 SDA 法の開発当初は主に Klenow (exo-) DNA polymerase と核酸アナログ (α-thiol dCTP など) が使用されていた。核酸アナログは、合成された DNA 鎖がニッキング酵素によって分解されることを防ぐ。Nt.BstNBI などのニッキング酵素の発見・開発によってSDA がよりシンプルになり、また Bst DNA Polymerase を使用することにより増幅速度向上 (反応時間の短縮) が可能となり、現在の方法に至る。   SDA 反応では 4 種類のプライマーが必要である。2 つは outer “bump” primers と呼ばれ、ターゲット領域 (<100 bp) の上流に結合して鎖置換を開始する。もう 2 つは inner primer (図中、SDAF/SDAR) と呼ばれ、ターゲット領域の 5′ 側にアニールするための特異的配列に、ニッキング酵素の認識配列 (赤色) を付加しておく。認識配列の外側には、酵素反応の足場となる 4 塩基 (4 dA spacer) を付加しておく (参考論文)。   SDA inner primer プライマーは、多くの PCR プライマー用デザインソフトでデザインできる。Bump primer のデザインには LAMP 用プライマーデザインソフト:PrimerExplorer が利用できる。増幅産物は、インターカレーターダイあるいはプローブを使用して、リアルタイムで蛍光検出することができる。
  

蛍光がprobeによる発光だとすると、primer&probeで特異性が高くなりますね。

でも偽陰性はあるって、確かトランプが持ち歩いてるんじゃなかったっけ?

コロラド博士とaloさんがやり合ってる間に、@医療業界某所がつきました。aloさん、あなたは何者ですか?